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计算机      软件      数据库      实验设备

 

计算机
1. SGI Origin 3800 超级计算机(128 CPU)

2. Sunway UNIX 机群 (32 alpha CPU)

   

3. SGI Origin 3200 服务器(4 CPU)

4. SGI O2 工作站 6台

5. Compaq alpha 工作站


软件
  1. Insight II
    Insight II是一个可视化的分子模拟软件,其中整合了分子模建、开发工具、分子力场、模拟及可视化工具等模块。
  2. Sybyl
    Sybyl致力于产生新的化学实体,Sybyl提供了大分子和小分子的构建、编辑和可视化工具,分子力场及分子动力学模块,功能强大的电子表格是其特色之一。
  3. Catalyst
    Catalyst是一个数据库管理及查询系统,它支持基于药效团的查询,三维形状搜寻,能够根据SAR数据产生药效团模型。
  4. Cerius 2
    包含了从同源模建到催化剂设计等一系列工具。
  5. Quanta
    一个分子图形分析程序,包含了一些主要针对药物研究的计算方法。
  6. Xplor
    分子模拟程序,主要用于晶体结构的解析。
  7. Gaussian 98
    量子化学程序,包含了从半经验方法、HF、密度泛函方法等计算方法,可用于分子的各种物理性质以及化学反应的研究。
  8. Dock 4.0
    分子对接程序,可用于计算小分子与生物大分子的结合构象以及结合能。特点是速度相对较快、比较稳健,现已被广泛用以寻找药物先导化合物。
  9. Autodock
    分子对接程序,主要特点是可以计算小分子与大分子的经验结合自由能。
  10. Flexx
    分子对接程序,
  11. Gromacs
    并行分子动力学程序,支持MPI和PVM,提供分子动力学模拟、能量优化、根据NOE数据进行NMR校准、非平衡分子动力学模拟等功能,包含比较多的分析及前处理工具。
  12. Amber
    分子模拟程序,提供了分子力学优化、分子动力学模拟和自由能微扰等功能,比较重视对小分子与大分子作用的计算,AMBER力场及RESP电荷计算方法是其特色。
  13. Charmm
    分子模拟程序,提供了分子力学优化、分子动力学模拟和自由能微扰等功能。
  14. EGO
    并行分子模拟程序,提供了分子力学优化、分子动力学模拟等功能。
  15. CPMD
    基于平面波/赝势密度泛函的从头分子动力学程序。
  16. NWChem
    量子化学及分子动力学模拟程序。

数据库
  1. ACD 3D、ACD SC
    包含了各试剂公司提供的化合物的结构、价格等信息,是虚拟筛选发现的药物先导化合物主要来自于这个数据库。
  2. MDDR
    包含了世界各制药公司及药物研究机构正在研究的活性化合物,正在进行临床前或临床研究的药物候选物,以及上市不久的药物的结构、生物活性信息。
  3. CMC (Comprehensive Medicinal Chemistry)
    包含了已经上市的药物的化学结构,三维结构,logP和pKa等数据。
  4. CNPD
    目前收录天然产物7万多种,包括化合物结构、物化性质、植物来源、中药特征等信息
  5. SPECS
    荷兰SPECS公司提供的化合物目录,包含分子结构等信息。
  6. RXN
    化学反应库,可根据产物确定反应物、反应路线、反应条件以及催化剂。

实验设备
   
1. 表面等离子共振(SPR)生物传感器
Biacore3000
2. 快速蛋白质液相色谱(FPLC)
  • 荧光光谱分光光度计
  • 紫外分光光度计
  • 差热分析仪
  • 低温超速离心机

 

 




药物发现与设计中心(DDDC),
上海药物研究所(SIMM), 中国科学院(CAS)